Świątynia jest orientowana co oznacza, że jej prezbiterium jest skierowane w kierunku wschodnim. Budowla składa się z poziomo układanych belek drewnianych (konstrukcja zrębowa), dach pokryty jest gontem. Wnętrze kościoła jest w większości odzwierciedleniem stylu barokowego jednak najstarszym i jednocześnie najcenniejszym zabytkiem jest gotycki obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem namalowany w 1460 roku – Matka Boska trzyma na ręce Pana Jezusa, na którego wskazują palcem: św. Piotr (z kluczem) stojący w pierwszym rzędzie z lewej strony oraz św. Jan z prawej strony (trzymający kielich). Głównym elementem ołtarza jest wizerunek św. Jana Nepomucena w otoczeniu aniołów. Z prawej strony nawy znajduje się tablica poświęcona żołnierzom pochodzącym z Szałszy, którzy zginęli w czasie I wojny światowej. W wieży mieści się tzw. marownia – pomieszczenie przeznaczone na sprzęty pogrzebowe. Kościół otoczony jest cmentarzem, na którym usytuowana jest płyta nagrobna z nazwiskami Groelingów i ich herbem – rodzina ta od lat 30. XIX wieku do roku 1945 była właścicielem wsi Szałsza.
